德川家光在殿内的咆哮，当然无法传递到他口中的‘汉寇’们的口中，当然实际上他们根本不会在乎德川家光到底会如何看待他们。
他们有更加重要的事情要做。
占领九州之后，虽然大汉朝廷之前答应了要将九州岛整个奉送给岛津一族，但是为了维持现在的占领地秩序，所以赵松仍旧命令九州岛现在的格局暂时不变，各个投靠大汉的藩主继续在领地内维持之前的统治秩序，所以在这些领地内秩序还算是严整。
但是在那些亲附幕府、举兵抵抗的藩主的领地内，因为藩主和家臣们大多数在大汉的兵锋之下要么死伤，要么就躲入山野当中惶惶不可终日，原有的统治秩序基本上突然就被摧毁了。
少量地方，因为有大汉军队的进驻，总算还维持着秩序，但是大汉军队毕竟有限，在大汉军队所未能触及的地方，因为原有统治体系的突然崩溃，出现了难以制止的动乱。
其中闹得最凶的就是九州西部和南部的那些藩国们，一来是因为大汉大军是从西部登陆进军、大量藩主和藩军在战争当中被杀或者逃亡，社会秩序突然崩溃，给了他们暴乱的空间；二来是因为之前被幕府和各藩严厉镇压的天主教徒们，终于等到了镇压力量削弱的时机，然后趁势而起，发动了暴乱。
这些暴乱，是从日野江藩等九州西部地区集中爆发的，因为无人制止很快就变成了熊熊烈火。
在战国时代，各地豪强互相征伐战乱不休，而这时代的西班牙人和葡萄牙人却已经开始在全球进行海洋扩张，为各自的国家寻求商业的利益。很快，这些西洋人发现了日本，并且和许多大名建立了商业来往，将自己的军火输入到了日本。
正因为有了大量从西洋输入的军火，日本的军事出现了突飞猛进的改变，而织田信长也借着军事变革的力量崛起，并且快速地统治了日本。
同时，随着商人的涌入，大量西洋传教士也来到了日本，并且开始向日本的各个阶层进行传教。因为这些西洋传教士掌握着知识和技术，很快就得到了许多大名的尊重，并且快速地就成为了座上宾，一些大名甚至还因为他们的传教而抛弃了原本的信仰，受洗礼成为了天主教徒。
而在与西洋人通商较多的九州，在那些下层平民当中，天主教传播的速度也非常快。这是因为在纷扰的战国时代，各个大名豪强要么有扩张势力的野心、要么是为了固守自保，都拼命扩充军队，并且为了维持军队，各个藩主和他的家臣团们莫不以各种手段压榨领内的农民，维持所需。
相较于当时已经变成了高级贵族和僧侣们统治工具的佛教，天主教人人平等的思想十分贴合于这些被残暴压榨的农民，让他们在痛苦的现实当中找到了一些精神慰藉。在传教士的引导下，他们很快就投入到了天主教的怀抱，九州出现了大量天主教民
而且，在残暴的压榨当中，广大平民衣食无着，而且反抗情绪也日积月累，在这种情况下，天主教既能够提供一种让他们联接起来的工具，也能够给他们提供另一种身份认同，让他们不觉得自己比领主的地位卑下。
在这样的情况下，天主教民在日本列岛四处发展，甚至蔓延到了上层，很快引发了日本最高统治者的警惕，决定限制天主教的传播，同时压服这些心怀不满的平民百姓。
丰臣秀吉下达了禁教令，而继承了丰臣秀吉事业的德川家康也几次颁布教令，宣布要清洗天主教徒，在幕府的高压下，大量天主教徒被迫改宗，少部分不愿意改宗的平民就要被杀死。
同时，战国时代的严厉压迫和苛捐杂税还是没有因为和平年代的到来而停歇。虽然在幕府的命令下，各藩的军事力量都被严重缩减了，但是无论是日野江藩还是福冈藩、抑或是九州其他地方的藩国，当年的税收一无所减，有些领主甚至还刻意地给农民在苛捐杂税之外再加了一些捐税，理由是“芝麻和农民都是越榨越有油。”
首先爆发天主教民的正是岛原藩，这里来自于信仰和剥削的压迫尤为严重。日野江藩之前的藩主是有马直纯，有马直纯从小在德川家康身边长大，又娶了德川家康曾孙女为妻，所以深得幕府信任。
在父亲死后，有马直纯继承了其父去当岛原领主。受宠若惊、感激涕零的有马直纯，虽然曾经受过洗礼也是个天主教徒，但为报答德川家康厚爱，他早已经毅然退教，而且发誓要秉承幕府将军的圣意，将天主、基督在藩内斩草除根。有马直纯一来到藩内就大开杀戒，将不愿弃教者活活烧死，并叫其他教徒现场观看。
后来，有马直纯因为得到了幕府的欢心，被转封到了日向国的延冈藩（也正是岛津家向北进兵时第一个灭掉的藩，他也在岛津家的兵锋下被杀死），而他的部下的藩臣和武士，差不多全数都留在本藩，只有极少数人随从前去。
而这时，到了日野江藩来上任的新领主是松仓重政，他之前是大和国五条藩的藩主，是因为在幕府攻打大阪的战事当中立了功，所以被从一万石的领地转封到了这里。
他也是一个对领民十分残暴的领主，到此了藩内就藩之后，他不满藩城简陋，于是大兴土木要钱要工来修建新的藩城岛原城。
于是，岛原城附近的藩民们就受到了更加难以忍受的双重苦难——不准信仰天主教，还要无休止地出钱出工。不愿弃教者不仅遭到汤浇、火烧、投入大海，而且，还被丢进云仙温泉硫磺火山口活活熏死。不仅如此，为了维持藩内的财政，松仓重政制定租税也极其苛刻，农民种一棵烟草，收获烟叶的一半要上缴；其他种植的农作物也要被大部分征收，变成领主的财产。
另外，在来到这里赴任的时候，他还带来了近于全部的他的原有部属。这些亲附于藩主的藩臣们，马上就占据了藩内所有的职位。
而旧领主有马直纯的部属们，也就失去了原本的俸禄，并且被排除出了统治阶级之外。他们迫于生活，只能靠种田养活自己的妻子儿女，变成了藩内的农民。不过这些人虽则名为农民，实际上却是熟习武艺的战士，也成为了危险的种子。
在藩内藩民的辛苦血泪当中，新的藩城岛原城总算建好了，从那时候起日野江藩就该名称为了岛原藩。
可是在松仓重政死后，他的儿子、继承了藩主之位的松仓胜家并不以此为满足，他和父亲一样残暴不仁，对这些新农民和其余的农民，一再加重赋税，逼迫农民缴出他们所不可能负担的高额贡米，以便维持自己和藩城的生活，以至于农民只能吃树皮草根以充饥。
为了方便催逼藩民，他以下令，将那些没有缴出钱粮的农民，穿上“蓑衣”受刑。“蓑衣”是用粗草编成的，这种草有着长而阔的叶子，船夫和农民们一般都将蓑衣用作雨衣。
受刑时，蓑衣捆在农民的颈上与身上，另用绳索反绑双手，然后在蓑衣上点起火来。受刑的人，不仅烧伤，且有烧死的；有的人在燃烧时，狂窜乱跳碰地而死，有的人在燃烧时，跳水丧生。这种令人不忍卒睹的惨剧，就被他叫做蓑衣舞，并且很得他的欢心。
可想而知，这样的残酷压迫会引发多少愤慨和不满，藩民们一直忍受着这样的暴政，但是一有机会就会想要反抗，摆脱这样暗无天日的日子。他们觉得与其眼看折磨致死，还不如一下子拼命而死。
农民们生活在死亡边缘，已经沉寂很久的天主教信仰随之再度抬头，秘密信教以逃避残酷现实的百姓越来越多。此事为松仓胜家所查知，就在领内搞了一次大清洗，逮捕了很多教徒，要他们举行“踏绘”的仪式。所谓“踏绘”，是指将刻有耶稣受难像的木牌扔在地上，让怀疑为教徒者用脚去踩，肯乖乖从命的定非天主教徒，或者虽是教徒却有心悔改，否则就将被处以火刑。